Markmið Kirkjubæjarskóla með samstarfi við leikskólann Kærabæ er að auðvelda væntanlegum 1. bekkingum skólans að aðlagast þeim breytingum sem verða við skólaskiptin. Stefna Kirkjubæjarskóla er að hafa samráð við leikskólann um námsefni sem notað er í kennslu 5 og 6 ára barna og tryggja góða upplýsingamiðlun milli skólanna og brúa þannig bilið milli leikskóla og grunnskóla.
Heimsóknir leikskólabarna eru skipulagðar af leikskólastjóra og í nánu samstarfi við grunnskólann. Skólahópur leikskólans kemur m.a. reglulega í heimsókn í skólann ásamt leikskólakennara. Leikskólabörnin fara reglulega yfir í íþróttahúsið með með yngstu árgöngum Kirkjubæjarskóla, ásamt því að vera með í kennslu í 1. bekk tvo tíma á viku hverja vorönn. Leikskólabörnum er einnig boðið að taka þátt í ýmsum uppákomum yfir skólaárið eins og grímuballi, þorrablóti, leiksýningum og vorhátíð.