Kirkjubæjarskóli veitir þeim nemendum er þess þurfa, meiri kennslu og stuðning en hægt er að veita í almennri kennslu. Þessi kennsla er ýmist kölluð stuðningur eða sérkennsla. Stuðningur er alltaf tímabundinn og getur verið til lengri eða skemmri tíma allt eftir aðstæðum hverju sinni. Meginstefna skólans er að stuðningurinn fari fram inni í bekkjarstofu nemandans, sé þess kostur án þess að gæði kennslunnar rýrni og að starfa undir merkjum “Skóli án aðgreiningar”. Markmið sérkennslunnar eru þau sömu og markmið grunnskólans, en leiðirnar að markmiðinu geta verið allmjög frábrugðnar.
Ævinlega er haft samráð við foreldra um skipulag og framkvæmd sérkennslu og foreldrar hafa alltaf síðasta orð um hvort nemanda er veittur stuðningur eða ekki. Hafi foreldrar áhyggjur af námsframvindu barns síns geta þeir snúið sér til umsjónarkennara eða beint til skólastjóra með beiðni um sérkennslu eða nánari athugun á námsstöðu barnsins. Til að árangur náist í sérkennslu er gott foreldrasamstarf mjög mikilvægt.
Samkvæmt reglugerð um sérfræðiþjónustu skóla eru gerðar reglulega lestrarskimanir til að fylgjast með lestrarnámi barna. Þær skimanir sem ekki krefjast sérfræðimenntunar eða sérstaks leyfis verða lagðar fyrir af umsjónarkennurum viðkomandi bekkja. Starfsmenn Félags- og skólaþjónustu Rangárvalla- og V - Skaftafellssýsu sjá um fyrirlögn og úrvinnslu annarra lestrarskimana. Foreldrar eru hvattir til að kynna sér reglugerð um sérkennslu.
Sjá nánar reglugerð nr. 585/2010 um nemendur með sérþarfir í grunnskóla.